Ja miałem podobną sytuację. Na początku miałem podobną nadwagę, tylko w miarę dobrą kondycję, więc biegałem po ~45 minut, jakieś 7-8km. I zawsze po takim biegu miałem dolegliwości, a to achilles, a to biodro, a to staw skokowy, kończyło się to tak, że po jednym biegu miałem dwa tygodnie przerwy na zaleczenie różnych bóli. Oczywiście rezultat jednego biegu co dwa tygodnie jest żaden.
Zmieniłem taktykę, i zacząłem biegać po 3 km, za to praktycznie codziennie (jeden dzień przerwy w tygodniu). Rano piję kawę, ubieram się i wychodzę na krótki trucht jako uzupełnienie do kawy. Ważne u mnie żeby to był rytuał, bo to eliminuje element decyzji przy której podejmowaniu zawsze może coś pójść nie tak i zostanie się w domu

. Tak jak nie zastanawiam się czy wypić kawę rano, tak nie zastanawiam się czy wyjść biegać.
I okazało się to skuteczne. Mimo że zaczynałem pod koniec stycznia, więc przy dość długo trwającej paskudnej pogodzie, to dałem radę regularnie biegać aż do teraz, dystans wzrósł do 4km, w tej chwili często biegam po 5km (więcej raczej nie chcę), tempo wzrosło o minutę na kilometrze, a przebiegi do około 30km na tydzień.
3km nie powodowało żadnych dolegliwości, a stopniowo wzmocniło aparat ruchu i umożliwiło bezbolesne zwiększanie dystansu. Trzeba się adaptować, układ ruchu opiera się na ścięgnach i stawach, które nie przystosują się do wysiłku w trzy dni, a nawet nie w miesiąc. Musisz dać im czas.