Dobra, zachęciłeś mnie do przeanalizowania tematu.
Trzeba wziąć pod uwagę:
1. że badania przeprowadza się najczęściej by czegoś dowieść.
2. że naukowcy często nie publikują badań, które się nie udały (nie przyczynia się to do rozwoju ich kariery, nie są za to nagradzani, więc po co mają publikować wynik czegoś, co się nie powiodło). Jest to bardzo dużym problemem w medycynie, ponieważ w ten sposób podczas analizy dostępnych wyników przeprowadzonych badań można dojść do błędnego wniosku o dobrej skuteczności jakiejś substancji (podczas gdy badania mogące świadczyć o braku skuteczności pozostają nie ujawnione).
3. że badania substancji dostępnej na rynku często zamawiają producenci, dystrybutorzy, izby handlowe zarabiający na tej substancji (mniejszy interes i publiczne środki akurat na badanie kawy mają instytucje przydzielające środki publiczne). Tak więc więcej będzie zamawianych badań mających dowieść skuteczność lecznicza tej substancji, niż mających dowieść szkodliwości albo nieskuteczności. Biorąc pod uwagę pkt 2., może tu dojść do wykrzywienia rzeczywistości.
Co do przedstawionych przez Ciebie linków trzeba mieć na uwadze, że są to meta analizy różnych badań populacyjnych, wrażliwych na 1. 2. i 3, a dodatkowo na poniższe:
4. Nie wiem na ile to prawdą, ale słuchałem ostatnio debaty dwóch dietetyków z których jeden twierdził, że w takich badaniach populacyjnych, mierzących
koincydencję między typem diety a zachorowalnością, nie zajmujących się dociekaniem przyczyn i skutków, nie zajmujących się biochemicznymi mechanizmami, czerpiących dane na temat ilości spożycia z ankiet wypełnianych przez użytkowników, nie powinno się zakładać, że dany efekt ma związek z badaną akurat substancją, jeśli różnica do grupy kontrolnej jest mniejsza niż dwukrotna, to trudno ją uznać za dowód (dla porównania: wpływ palenia na raka płuc w badaniach populacyjnych wskazuje na 1000% do 3000% wzrost zachorowalności). W trzech przytoczonych meta analizach mało które badanie wskazuje na dwukrotny spadek zachorowalności. Nie sposób analizować całości, bo każdy może sobie przeczytać same wyniki, ale np w pierwszym linku mowa o obniżeniu zachorowalności na demencję:
a 21‐year follow‐up study found that moderate consumption (3‐5 cups/d) was associated with lower risk of dementia in men (OR=0.27, CI=0.08‐0.89) and women (OR=0.51, CI=0.17‐1.52), compared to low consumption (0‐2 cups/d)
co znaczy, że u mężczyzn w całej populacji będzie to między 8% a 89%, a u kobiet między 17% a 152%, czyli albo spadnie albo wzrośnie, ale średnio spadnie do 51%

i jak zinterpretować taki wynik?
Weźmy cytat z ostatniego z Twoich linków, tam znaczącą różnicą, wg. przedstawionego wyżej kryterium, jest zachorowalność na raka jelita zmniejszona do 46% (między 37% a 57% w populacji) a drugim znaczącym wynikiem jest... wzrost zachorowalności na raka płuc o 218% (między 126% a 375%)
Oczywiście wybieram tylko przypadki skrajne, pomijając wszystkie wskazujące na różnice mniejsze niż dwukrotny spadek. Jakie z tego wyciągam wnioski?
1) Dziennikarze kochają prosty przekaz bo zarabiają na clickbite'ach, dlatego nie wnikają w powyższe niuanse.
2) Dlatego tych niuansów w większości nie jesteśmy świadomi i nie interesują nas one.
3) Tym niemniej coś jest na rzeczy z tą kawą.
4) Kawę będę prawdopodobnie pił dalej, ale ze zdrowym umiarem i nie myśląc o tym, że dzięki temu w ciągu 6 lat będę miał średnio o 17% mniejsze ryzyko zgonu, a dokładniej między 29% a 1% mniejsze ryzyko tylko nie wiadomo, która wartość jest prawidłowa, od czego ona zależy i czy w badanej populacji nie zadziałały jakieś czynniki, które mnie w ogóle nie dotyczą.