To niestety może być mnóstwo rzeczy (nawet całkiem oddalonych od kolana). To, że masz to po każdym dłuższym (cokolwiek to dla Ciebie znaczy) biegu to informacja mniej niż lakoniczna
Na tym forum jest już duuuużo wątków i wpisów dot. bolących kolan, więc zacząłbym na Twoim miejscu od odrobiny pracy domowej i przeczytanie tego i owego (także artykułów na niniejszym portalu).